965 yılında Çorum’da doğmuştur. 1986 yılında Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi Genel Türk Tarihi bölümünden, 1990 yılında Ankara Üniversitesi Türk İnkılâp Tarihi Enstitüsü Yüksek Lisans Programından mezun olmuştur.
1996 yılında Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesinden mezun olan GÜNDOĞAN, 2002 yılında Hacettepe Üniversitesi İnsan Hakları Yüksek Lisans Programından, 2009 yılında ise Ankara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü’nden “Töre Cinayetleri Faillerinin Sosyo-Kültürel Durumunun İncelenmesi” isimli doktora tezi hazırlayarak mezun olmuştur.
1986-2002 yılları arasında J.Gn.K.lığı’nın değişik kademelerinde öğretmenlik ve yöneticilik yapan GÜNDOĞAN, 2002 yılında Kara Harp Okulu Savunma Bilimleri Enstitüsüne (SAVBEN) öğretim elemanı olarak atanmış, 2005-2009 yılları arasında da  SAVBEN’de Güvenlik Bilimleri Ana Bilim Dalı Başkanı olarak görev yapmıştır. 30 Ağustos 2009 tarihinde kendi isteğiyle Kd. Albay olarak emekli olmuştur. Halen Ankara Barosu’na kayıtlı olarak serbest avukat olarak çalışmakta ve Kara Harp Okulu SAVBEN Güvenlik Bilimleri Ana Bilim Dalında yüksek lisans öğrencilerine Ceza Muhakemeleri Hukuku dersi vermiştir.